Ubicación: 
La Paz, Bolivia

El proyecto de la UII se enmarca en los acuerdos entre el Fondo para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas de América Latina y El Caribe (Fondo Indígena) y el Gobierno de la República de Alemania. Su objetivo es coadyuvar de manera efectiva, la formación de recursos humanos para contribuir a mejorar las condiciones de vida de los Pueblos Indígenas, así como su inclusión social, a través de programas de educación superior de posgrado de calidad.

En la Universidad Indígena Intercultural participa un conjunto de universidades latinoamericanas de 9 países - Bolivia, Colombia, Costa Rica, Chile, Ecuador, Guatemala, México, Nicaragua y Perú - las cuales han suscritos acuerdos de cooperación con el Fondo Indígena.