El Proyecto América Indígena se concreta a partir del espacio de intercambio generado en su página web. El proyecto establece tres módulos, los mismos que a su vez sirven de base para posibles proyectos. Los módulos son:

Población, derechos, democracia, comunidades indígenas.

Como todo espacio digital que apunta al desarrollo, es la información contenida en el mismo la que lo hace valioso, es decir, no es una cuestión sólo de tecnología sino de información; por lo cual, el trabajo en equipo y la participación de la sociedad civil, sector gubernamental, empresa privada, instituciones académicas y comunidades indígenas, son de vital importancia para el desarrollo y mantenimiento del proyecto.

La forma de participación esta dada a nivel individual y como organización. A nivel de individuos, los aportes recibidos para las secciones de documentación, así como los aportes de información, son colocados de libre acceso en el portal, el mismo que tiene la información del aportante.

La estructura modular que maneja América-Indígena permite desarrollar proyectos específicos y buscar fuentes de financiamiento directas en relación a determinado módulo o sección.