ALOP se organiza en tres Secretarías Subregionales, cada una a cargo de una región: Centro América, México y el Caribe; la Subregión Andina y la Subregión Cono Sur y Brasil. Ellas operan como foro para fomentar el intercambio y sistematización de experiencias y para el planteamiento y evaluación de programas de cooperación comunes, lo mismo que como interlocutores con los gobiernos y agencias de cooperación, procurando enfoques conjuntos e integrados para los problemas comunes de cada subregión.

Sus grupos de trabajo concentran el esfuerzo regional en los campos de mayor prioridad para las asociadas: desarrollo rural; hábitat y desarrollo urbano; derechos económicos, sociales y culturales y cooperación internacional al desarrollo.

Es un espacio de encuentro, diálogo, intercambio y relaciones proactivas para las ONGs de desarrollo que la constituyen, y de ellas con los actores del desarrollo latinoamericano y del Caribe. Coadyuva la elaboración de propuestas de desarrollo globales y sectoriales y la capacidad de diálogo y de concertación de las organizaciones de la sociedad civil en la región, en los foros de integración regionales y en los foros internacionales.